Управление игрой намерено сделано максимально простым. В левом нижнем углу экрана с игрой три основных кнопки: Кварк, Нуклон, Атом. Посередине шкала Энергии.
Энергия основа материи все частицы создаются из нее, она пополняется автоматически. Создание «Кварка» стоит 1 единицу энергии когда её достаточно на шкале. Создание «Нуклона» стоит 10 кварков. Создание «Атома» стоит 3 нуклона.
Атомы появляются в центре экрана. Экран можно перемещать, увеличивать или уменьшать масштаб. За счёт этого вы можете нацеливать нужные области карты на объекты.